Non ho mai provato a cancellare e reinstallare whatsapp dopo che è stata promulgata la crittografia end-to-end. Quindi non ti saprei dire. Certo bisognerebbe anche verificare che sul telefono non rimangano file temporanei che facciano, poi, ricomparire i suddetti messaggi. La tecnologia end-to-end, comunque, pare funzionare bene. Il problema è che, probabilmente, con un cellulare che ha il sistema operativo infettato, si riesce a vedere ancora prima che i dati vengano criptati tramite il client di messaggistica.
Purtroppo, oggi, tutto ciò che contiene un sistema operativo ed è collegato ad internet è potenzialmente vulnerabile. Soprattutto quando si tratta di software ed hardware commerciali che hanno un accesso chiuso e del quale si può sapere molto poco. Perchè, oltre al sistema operativo, il problema risiede anche sull'hardware stesso, dato che su molti prodotti scoprirono la presenza di backdoors "di stato" appositamente nascoste (proprio per questo, in Russia, l'apparato statale sta passando a sistemi operativi e CPU prodotte e sviluppate in Russia).
Per quanto riguarda il computer, Linux è indubbiamente la scelta principe. Ma dipende sempre dall'uso che ne devi fare, perchè, purtroppo, Linux non ti consente ancora di poter fare tutto ciò che puoi fare con Windows, nonostante la presenza di vari programmi di emulazione che tentino di colmare il "gap". E comunque Linux non è totalmente inespugnabile, soprattutto se non lo si usa in maniera corretta (e l'articolo pare pure confermarlo).
Sul discorso cellulari, in realtà usare dei vecchi modelli che comunque hanno la possibilità di accedere ad internet, non ti mette al riparo. Anzi, risulterebbero più facilmente hackerabili. Bisognerebbe, in alternativa, usare vecchi modelli che non hanno praticamente nessuna possibilità di collegamento ad internet. Oppure, bisognerebbe usare cellulari moderni ma appositamente studiati per non essere intercettabili (crittografia completa, firewall, gestione meticolosa delle app, ecc.).